Por indicación del presidente de la Fábrica de San Pedro, el cardenal Mauro Gambetti, el proyecto se lleva a cabo en colaboración con un comité científico que evalúa los mejores métodos de recogida y tratamiento de datos, la puesta en marcha de las acciones prioritarias a partir de los modelos de diseño ejecutivo y los manuales operativos para la realización de dichas acciones, el seguimiento, la elaboración de informes y la certificación de los resultados.
Los objetivos de reducción de la huella medioambiental siguen una jerarquía de prioridad: se comienza con la recogida de los datos relativos a los flujos de materia y a las fuentes generadoras de gases de efecto invernadero en el "perímetro del proyecto" (emisiones directas, emisiones indirectas procedentes de la generación de electricidad adquirida, calefacción, refrigeración, otras emisiones indirectas de la cadena de suministro), para llegar a proyectar y realizar las acciones estructurales y de gestión prioritarias.

El comité está compuesto por: sor Helen Alford, OP; Prof. Enrico Alleva, Prof. Vincenzo Balzani, Prof. Leonardo Becchetti, Prof. Federico Maria Butera, Prof. Matteo Giuliano Caroli, Prof. Maurizio Decastri, Prof. Gianluigi De Gennaro, Prof. Francesco De Leonardis, Dr. Walter Ganapini (Coordinador), Prof. Mauro Magatti, Prof. Roberto Morabito PhD, Prof. Antonello Pasini, Prof. Arch. Chiara Tonelli PhD, Dr. Giovanni Pingitore (secretario).
El trabajo del Comité se divide en las siguientes áreas temáticas: recogida y tratamiento de datos medioambientales y flujos de entrada/salida dentro del perímetro de la basílica de San Pedro; identificación de objetivos y de las consiguientes intervenciones estructurales/tecnológicas/de gestión/logísticas; análisis económico-financiero-jurídico de las intervenciones y los escenarios de internalización del proyecto; validación del plan preliminar y ejecutivo de las intervenciones prioritarias; configuración organizativa; estrategias y herramientas de reporting; certificación y comunicación de los resultados del proyecto.