
Tra il 1616 e 1617, papa Paolo V realizzò i due corridoi rettilinei che conducono alla Confessione di San Pietro e aggiunse alle grotte le cappelle “del Salvatorello”, della Madonna “della Bocciata” e della Madonna “delle Partorienti”, che, assieme al peribolo attorno alla Confessione, fece affrescare al pittore Giovan Battista Ricci da Novara con pitture di carattere agiografico sui prodigiosi avvenimenti presso la tomba petrina e con illustrazioni di monumenti dell’antica basilica.
Al principio del Seicento, mentre si demolivano le ultime vestigia della vecchia basilica per il completamento del nuovo San Pietro, le grotte vaticane erano infatti divenute un luogo della memoria, una sorta di “museo” ante litteram, dove si esponevano, come reliquie della venerata e perduta chiesa, statue, mosaici, dipinti e iscrizioni, Qui si trovavano le ultime immagini - vedute interne ed esterne, alternate a riproduzioni di singoli monumenti - di quell’antica basilica che non si sarebbe più vista.
Successivamente, con papa Urbano VIII (1623-1644) furono ricavati, alla base dei grandi piloni che sostengono la cupola, quattro piccoli oratori - Santa Veronica, Sant’Elena, San Longino e Sant’Andrea - collegati alla basilica da altrettante scale elicoidali. Le quattro nuove cappelle, con i relativi accessi alle Grotte Vaticane, vennero progettate e realizzate da Gian Lorenzo Bernini e poi decorate da una squadra di valenti pittori: Agostino Ciampelli, Guidobaldo Abbatini e altri.
Dopo la metà del Novecento, ulteriori spazi di devozione vennero aggiunti attorno alla tomba di San Pietro con la costruzione e l’ampliamento delle cappelle Irlandese (1954), Polacca (1958 e 1982), Lituana (1970), dei Santi Patroni d’Europa (1981), Messicana (1992), e dell’oratorio con la tomba di Pio XII (1958), papa promotore delle difficili esplorazioni archeologiche che portarono alla scoperta della tomba di San Pietro e della Necropoli Vaticana. Vennero anche realizzati i due collegamenti delle grotte con l’esterno della basilica: a sud su Largo Braschi, a nord su Largo di San Gregorio l’Illuminatore.
Nel 1979 venne aperto un grande arco nella parte centrale delle grotte, per rendere visibile il frontale della Confessione con la Nicchia “dei Palli”, ovvero il luogo più vicino alla tomba di San Pietro. Attorno alla sepoltura dell’Apostolo si erano venute a disporre, come una corona, una serie di cappelle dedicate alla Madonna. Lo spazio centrale delle grotte dove si trovano le tombe dei papi successori di Pietro divenne così una sorta di basilica inferiore a tre navate.